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ImageJ plugins 

ImageJ is a really neat program for image processing, so it is very useful if you work with LEEM/PEEM images. And it runs in Linux, MacOSX, Windows, you name it. Nowadays it might be more fun to use the Fiji compilation (https://fiji.sc/), which is actually based on ImageJ2. One problem is that, for me at least, Fiji is just too slow reading images, so we are stuck with using the two versions. Or using the raw import.

The file format of the proprietary UView format of Elmitec files with the original data of the Nanoscale manuscript includes a header of variable length depending on the version, and a block of  nx*ny (if the file has only one image of dimensions nx,ny) 16-bit integers with little endian byte order, i.e. the header is (total_file_size-2*nx*ny). As such it can be used by open source programs that open the format natively: 
  • Gxsm  (use menu option File->Open to Free Channel)
  • ImageJ with the plugins described below.
Or with any program that can open 16-bit images skipping a header such as ImageJ/Fiji using the Import->Raw option, selecting 16-bit, 1024x1024 pixels, 520 offset, little-endian bye order.
 

I finally made a plugin in the "new-style" good for Fiji and ImageJ2, whose source you can find in the github repository: https://github.com/jufiba/scifio-UView. Just copy the .jar file under into the plugins folder and restart Fiji/ImageJ2. You should be able to open the Elmitec .dat files without any import option. Regretably, Fiji is a moving target at lately the plugin has stopped working.

 

Cámara: FlyCap2 (software)
STM: SPM Controller

 

2013-01-18 16.43.16

 

Evaporadores:

1. Conectar el agua.

2. Conectar el filamento y las alimentaciones del evaporador de metales (Delta y FUG).

3. Comprobar que está a tierra la salida menos de la alimentación del evaporador.

4. Comprobar que está cerrado el shutter.

5. Encender la alimentación del evaporador.

6. Aplicar el voltaje requerido.

7. Asegurarse de que la corriente del filamento es 0 A.

8. Encender el filamento.

9. Aumentar la corriente del filamento hasta la emisión requerida.

10. Dejar algún tiempo de calentamiento (5-15 min, dependiendo del evaporador).

11. Calentar la muestra durante el tiempo* de calentamiento.

12. Abrir la válvula  shutter durante un tiempo dado. Registrar la corriente de emisión (y el voltaje HV), presión de fondo  , corriente y voltaje del filamento, temperatura de la muestra.

 

Barra de transferencia con las posiciones marcadas 2012-10-31 09.54.11

1- Transferencia de la muestra.

  • Montar la muestra en la barra de transferencia.

  • Mover la barra de transferencia hasta la primera posición (etapa de la bomba rotatoria). Esperar 5 minutos. La lectura del Pirani no es demasiado fiable.

  • Mover la barra de transferencia hasta la segunda posición (etapa de la bomba turbomolecular). Mantenerla ahí entre 30 min and 2 horas (incluso más si es una muestra en polvo). El medidor está roto.

  • Mover la barra de transferencia hasta la posición final (dentro de la cámara de XPS). Esperar hasta que la presión esté por debajo de 10-7 Torr. Colocar el medidor en el intervalo de 10-7 Torr antes de encender el XPS (hay un dispositivo de seguridad de presión)

  • Comprobar que el haz de rayos X incide totalmente sobre la muestra.